Katolisessa kirkossa rukouspäivien historia ulottuu 200-300 -luvulle. Rooman piispa Calixtus tunsi kolme vuosittaista paastojaksoa, jotka sijoittuivat kesä-, syys- ja joulukuuhun. Nelijako esiintyi jo 300-luvulla. Roomasta ne levisivät 700-800 -luvulla muualle läntiseen kristikuntaan. Näitä päiviä kutsuttiin ns. kvatember-päiviksi. Kvatember-päivät liittyivät erityisesti maatalouden vuotuisiin vaiheisiin. Luterilaisilta päivät katosivat uskonpuhdistuksen jälkeen. Suomessa kvatemberit mainitsi Mikael Agricola rukouskirjassaan v. 1544 ja messukirjassaan v. 1549. Ruotsissa kvatemberpäivät mainitaan vielä useissa 1600-luvun alkupuolen almanakoissa, mutta ne jäivät käytännössä pois 1600-luvun aikana.
Nykyään rukouspäivät ovat maallisen esivallan määräämiä kiitos-, katumus- ja rukouspäiviä, joiden ajankohdan valtio määrää joka vuosi erikseen. Ne ovat lähtöisin keskiajalta. Niitä määrättiin mm. sotien ja katovuosien aikana. Rukouspäivät toivat jumalanpalveluksiin valtakunnallis-isänmaallista sävyä. Niitä vietettäessä kehotettiin parannukseen ja rukoiltiin rauhaa. Ruotsi-Suomessa ensimmäiset rukouspäivät vietettiin vuonna 1280, jolloin Maunu Ladonlukko määräsi ne vietettäväksi ruton torjumiseksi. Näitä päiviä vietettiin aluksi satunnaisesti. Ensimmäinen evankelinen rukouspäivä vietettiin keisarin suosituksen mukaisesti turkkilaisvaaran takia v. 1532 Strassburgissa. Rukouspäiväkäytännön kiinteytymiseen vaikutti Strassburgissa toiminut uskonpuhdistaja Martin Bucer, jonka katekismuksesta vuodelta 1534 lienee peräisin sana rukouspäivä.
Rukouspäivien viettäminen uskonpuhdistuksen jälkeisessä Ruotsissa sai alkunsa 8.7. 1544. Tällöin Kustaa Vaasa määräsi, että kansan monenlaisen pahuuden ja tottelemattomuuden tähden valtakunnassa oli vietettävä yhtämittaa kahdeksan rukouspäivää. Kustaa Vaasan pyrkimys vakinaistaa rukouspäivien viettäminen ei aluksi onnistunut. Rukouspäivä määrättiin mm. vuosina 1552 ja 1568 (kiitospäivä kuninkaan palanneen terveyden johdosta). Kustaa Vaasan poikien aikana rukouspäivä määrättiin varsinkin sota-aikojen koettelemusten ja kiitospäivänä voittojen johdosta.
Kuningas Kaarle IX:n aikana rukouspäivä määrättiin 1607 katumuspäiväksi, koska Halleyn komeetta nähtiin varoitukseksi ihmisille. Vuodesta 1612 lähtien päiviä on vietetty säännöllisesti. 1612 kuningas Kustaa Aadolf julisti vuosittaiset rukouspäivät maata uhkaavien vaarojen vuoksi. Kustaa Aadolf jatkoi rukouspäivien julistamista koko hallitusaikansa ajan. Vuonna 1621 vietettiin kolme kiitospäivää Ruotsin uskonpuhdistuksen satavuotismuistoksi.
Hallitsijan antamat rukouspäiväjulistukset saivat alkunsa Kustaa II Aadolfin aikana 1620-luvulla. Niissä esitettiin aiheet, joiden vuoksi rukouspäivät katsottiin tarpeellisiksi. Vuodesta 1711 alkaen aiheiden selvittelystä luovuttiin, ja julistukset muuttuivat yleisluontoisemmiksi.
Rukouspäiviä vietettiin pyhäpäivinä. Kaikkien työntekijöiden tuli noina päivinä levätä ja elinkeinoelämä oli pysähdyksissä. Kirkoissa pidettiin jumalanpalveluksia. Pappeja velvoitettiin laatimaan luettelot niistä seurakuntalaisista, jotka laiminlöivät kirkkoon menemisen rukouspäivänä.
Rukouspäivien lukumäärä vaihteli yhdestä kuuteen. Vuodesta 1630 rukouspäiviä oli yleensä kolme. Vuodesta 1676 määräksi vakiintui neljä. Yleensä rukouspäivät olivat perjantaisin ja kesällä. Neljännen päivän vakiintuessa päivät olivat yleensä huhti-, kesä-, heinä- ja elokuussa. (Lisäksi saattoi olla kiitospäiviä. Kiitospäiviä vietettiin mm. sodassa saatujen voittojen ansiosta.) 1739 lähtien yhtä rukouspäivää (yleensä viimeistä) on juhlittu kiitospäivänä.
1730-luvun lopulta lähtien esiintyi pyrkimyksiä supistaa pyhäpäivien määrää. Vuosien 1738-1739 valtiopäivillä, joilla hattupuolue oli noussut valtaan, ehdotettiin 21 pyhäpäivän poistamista. Niiden joukossa oli kaksi rukouspäivää. Seuraavilla valtiopäivillä ehdotettiin ylempien säätyjen taholta ensimmäisen ja kolmannen rukouspäivän poistamista sekä kevään ja syksyn rukouspäivän säilyttämistä. Kun kuninkaan määräys tiettyjen pyhäpäivien vieton lopettamisesta annettiin 11. 11. 1741, ei rukouspäiviä kuitenkaan mainittu näiden päivien joukossa.
Pikkuvihan aikainen Turun kirkollinen konsistori oli venäläisvalloituksen aikana 1743 antanut Suomen asukkaita varten oman rukouspäiväjulistuksen. Julistuksessa ei noudatettu Ruotsissa määrättyjä rukouspäivien ajankohtia eikä saarnatekstejä.
Rukouspäivien siirtämisestä lauantaihin tehtiin ehdotukset vuosien 1755-1756 sekä 1760-1762 valtiopäivillä. Perusteluiksi sanottiin mm., että monin paikoin oli pitkien matkojen takaa mahdotonta tulla kirkkoon perjantaisin sekä seuraavana sunnuntaina ja että näiden päivien välisestä lauantaista ei ollut kunnolliseksi työpäiväksi. Vuosien 1769-1770 valtiopäivillä käytiin keskustelua apostolien päivien ja muiden 'pikkupyhien' poistamisesta. Tuloksena oli rukouspäivien osalta, että niiden määrä ja ajankohta ehdotettiin jätettäväksi kuninkaan harkintaan.
Vuoden 1772 pyhäuudistuksessa rukouspäivät siirrettiin lauantaihin. Samalla kuitenkin taloudellisten näkökohtien saama suurempi arvostus oli siirtämässä rukouspäiviä sunnuntaihin. Kuningas Kustaa III määräsi jo vuosien 1783-1784 rukouspäivistä, että kiireiseen työaikaan osuneet toinen ja kolmas rukouspäivä oli vietettävä sunnuntaina. Vuosina 1785-1789 vietettiin kaikki rukouspäivät sunnuntaisin. Kuningas määräsi vuoden 1790 toisen ja neljännen rukouspäivän jälleen lauantaihin. Tämä määräys annettiin rukouspäiväjulistuksessa 4.12. 1789 siitä huolimatta, että aikaisemmin painettuihin almanakkoihin oli kaikki rukouspäivät merkitty sunnuntaiksi. Kuningas kertoi kuitenkin, että vaikka hän oli rahvaiden pyynnöstä siirtänyt kaksi rukouspäivää lauantaihin, oli Tukholmassa lupa viettää niitä edelleen sunnuntaisin. Sama käytäntö määrättiin myös kahdelle seuraavalle vuodelle. Kustaa III:n kuoleman jälkeen ilmoitettiin, että 'nykyiset olosuhteet huomioon ottaen' vuoden 1792 kolme jäljellä olevaa rukouspäivää oli vietettävä lauantaina. Rukouspäivät määrättiin samalla lauantaille vuoteen 1803 saakka. Kustaa IV Aadolf määräsi vuosien 1804-1807 rukouspäivistä toisen ja kolmannen sunnuntaiksi. Vähitellen päivät siirrettiin sunnuntaille.
Suomessa rukouspäiviä ei ollut lainkaan 1810-1811. Vuonna 1812 rukouspäiviä oli kaksi ja 1813 lähtien neljä. Ruotsin vallan aikaiset rukouspäiväjulistukset oli kohdistettu valtakunnan kaikille asukkaille. Esivallan vaihdos sai aikaan sen, että vuoden 1812 julistus oli osoitettu ainoastaan Suomen luterilaiselle väestölle. Suomessa oli Venäjän vallan aikana vuosittain myös keisarillisia juhlapäiviä, joina oli pidettävä jumalanpalvelus. Myös 1.1. 1918 oli yleinen katumuspäivä vakavan ajan johdosta. Vuoden 1823 rukouspäiväjulistuksessa osoitettiin erityiset varoituksen ja kehotuksen sanat opettajille, tuomareille ja papeille, jotta he puolustaisivat arvokkaasti uskonnon totuuksia ja olisivat näin hyväksi esimerkiksi.
Ruotsissa vuonna 1873 ruvettiin kolmatta rukouspäivää nimittämään lähetyksen päiväksi. Vuonna 1888 2. rukouspäivä sai teemakseen uskonpuhdistuksen ja 1. rukouspäivä jäi paastonaikana vietettäväksi katumuspäiväksi.
Suomessa vuoden 1958 evankeliumikirjaan otettiin kutakin rukouspäivää varten kiinteät epistola- ja evankeliumitekstit alttarilta luettavaksi. Näin kirkko itse määritteli kunkin rukouspäivän pääjumalanpalveluksen luonteen. Valtiovallan määräämät tekstit jäivät saarnateksteiksi. Vuoden 1958 evankeliumikirjassa 1. rukouspäivä oli katumuspäivä, 2. rukouspäivä nuorison päivä, 3. rukouspäivä uskonpuhdistuksen päivä ja 4. rukouspäivä kiitospäivä.
Ruotsissa päädyttiin 1983 siihen, että rukouspäivistä luovutaan kokonaan, koska ne rikkoivat kirkkovuoden rytmin. Ruotsissa rukouspäivien aiheet kytkettiin kirkkovuoden pyhiin: katumuspäivä tuhkakeskiviikkoon, uskonpuhdistuksen päivä seksagesimaan, joka sai alaotsikokseen Reformationsdagen. Lähetyksen päivä siirrettiin kolminaisuudenpäivään. Kiitospäivän ajankohdaksi määrättiin lokakuun 2. sunnuntai. Se sai nimekseen Tacksägelsedag. Suomessa päivät säilytettiin, mutta uudistetussa muodossa vuodesta 1991 lähtien. Mm. Tanskassa ja Norjassa on vain yksi rukouspäivä, joiden lisäksi on sadonkorjuun kiitosjuhla (hösttakkefest). Tanskassa on rukouspäivä (Store Bededag) ollut vuodesta 1686 alkaen perjantaina neljännellä viikolla pääsiäisen jälkeen (p+26). Norjassa on vuodesta 1908 alkaen ollut yksi katumuspainotteinen rukouspäivä (Bots- och bededag). Suomi on kuitenkin ainoa maa maailmassa, jossa valtiovalta antaa rukouspäiväjulistukset.
Vielä 1900-luvun puolivälissä rukouspäivät huvikieltoineen muodostivat merkittävän instituution. Rukouspäivinä oli ennen voimassa yleisten huvitilaisuuksien viettoa koskeva kielto. Kielto koski myös rukouspäivää edeltävää lauantai-iltaa ("rukouslauantai"). 1968 lakia muutettiin siten, että huvikielto koski vain varsinaista rukouspäivää. 1984 huvikielto poistettiin kokonaan.
Suomessa siis päädyttiin rukouspäivien säilyttämiseen. Päivien aiheissa pyrittiin ottamaan huomioon ajan vaatimukset. Päivien sijoittumisessa kirkkovuoteen ja yhteiskunnan kalenteriin tulisi pyrkiä löytämään luontevat yhteydet ja riittävä liikkumavara. Rukouspäivien valmistelu keskitettiin opetusministeriön asettamalle valmisteluelimelle, joka teki vuosittain ehdotukset niiden ajankohdista, aiheista ja raamatunteksteistä sekä laati rukouspäiväjulistukset. Nykyisin rukouspäivät ovat luonteeltaan ekumeenisia. Rukouspäivien valmistelu tuli Suomen ekumeenisen neuvoston tehtäväksi. Julistuksen valmistelu tapahtuu yhteistyössä tasavallan presidentin kanslian kanssa. Kunkin kirkollisen yhteisön omaksi asiaksi jää, miten se ottaa huomioon julistuksen omassa elämässään. Yleisperiaatteena on myös ollut, ettei rukouspäivä saisi peittää alle jäävää kirkkovuoden pyhää.
Ensimmäistä rukouspäivää vietettiin aiemmin katumuspäivänä helmikuun puolivälissä. Vuodesta 1991 lähtien sitä vietettiin tammikuun lopulla ekumeenisen rukousviikon yhteydessä teemanaan: kirkon ja kristittyjen yhteys. Päivä korostaa kristillisen uskon perinteen rikkautta. Rukouspäivä kutsuu eri traditioita edustavat kristityt ja kirkot yhteiseen rukoukseen ja toimintaan ykseyden puolesta. (Aloitteen ekumeenisesta rukousviikosta teki 1935 ranskalainen katolinen pappi Paul Couturier. Suomessa ekumeenista rukousviikkoa on vietetty säännöllisesti vuodesta 1964 alkaen. Viikon keskeisenä ajatuksena on kristittyjen yhteys ja sen toteutuminen käytännössä. Kristittyjen ykseyden rukousviikkoa vietetään yleensä 18.1. - 25.1. välisenä aikana.)
Vuodesta 2008 alkaen ensimmäisen rukouspäivän pysyväksi paikaksi tuli 18. tammikuuta.
Toista rukouspäivää vietettiin 1900-luvun alusta nuorison päivänä toukokuussa. 1991 lähtien vuoteen 2007 ajankohta oli 26.4.-15.5. teemanaan: lähisuhteiden, perheen, eri sukupolvien, ystävyyden ja toinen toisensa huomioon ottamisen merkitys. Sitä vietettiin usein äitienpäivänä. (Lisäksi pyrittiin siihen, ettei se sattuisi helluntain tai rukoussunnuntain kanssa samalle päivälle.)
Kolmatta rukouspäivää vietettiin aiemmin uskonpuhdistuksen muistoksi vuodesta 1927 alkaen heinäkuussa. Useassa evankelisissa kirkoissa vietetään erillistä uskonpuhdistuksen päivää, joista yleisin on 31.10. teesien naulaamispäivä. Uudistus siirsi päivän vuodesta 1991 alkaen syyskuun lopulle kiitospäiväksi ja uskonpuhdistuspäivä lopetettiin. 3. rukouspäivä oli vuoteen 2007 asti. Uusi uskonpuhdistuksen muistopäivä on nykyisin 22. sunnuntaina helluntaista. Kiitospäivän vietto perustuu maatalousyhteiskunnan vuosirytmiin. Sadonkorjuun jälkeen on kiitoksen aika. Erillistä kiitospäivää vietetään lähes kaikkialla maailmassa. Tunnetuin niistä on Yhdysvaltain kiitospäivä marraskuun neljäntenä torstaina (22.11. - 28.11. välinen torstai), joka on ollut vuodesta 1863 vapaapäivä. Silloin Abraham Lincoln julisti kiitospäivän kansalliseksi merkkipäiväksi. Suomessa kolmas rukouspäivä kiinnitti huomiota kiitokseen ja kiitollisuuteen. Esille otettiin myös yhteiskunnan rakentamisen kannalta keskeiset kiitoksen näkökulmat, kuten työ, työllisyys ja yhteisten asioiden hoitaminen. Rukouspäivää vietettiin jonakin sunnuntaina 15.-30.9. välisenä aikana. Sen luonne sadonkorjuun juhlana saattoi myös tulla kyseeseen.
Neljättä rukouspäivää vietettiin aiemmin kiitospäivänä syyskuussa. Sen jälkeen sen teemana oli rauha, oikeudenmukaisuus ja yhteiskunnallinen vastuu. Sitä vietettiin 1991 lähtien vuoteen 2007 lokakuun lopulla lähellä YK:n päivää. Rukouspäivä liittyi YK:n aseidenriisuntaviikkoon. Se pitää esillä parannuksen teon sekä yhteisen vastuun näkökulmaa. Erityisesti päivänä korostettiin rauhan ja keskinäisen solidaarisuuden asennetta.
Lisäksi on olemassa Maailman rukouspäivä, jota vietetään yli 170 maassa maaliskuun ensimmäisenä perjantaina. Sen teema vaihtuu vuosittain.
Vuonna 2008 rukouspäiväkäytäntöä muutettiin jälleen. Vanha rukouspäiväkäytäntö katsottiin ongelmalliseksi. Rukouspäivä ei aina istunut kirkkovuoden mukaisen pyhäpäivän teemaan. Rukouspäivien lukumäärää laskettiin kahteen. Niiden sijanti on aina sama. Kristittyjen ykseyden rukouspäivä on aina 18.1. Rauhan, ihmisoikeuksien ja kansainvälisen vastuun rukouspäivä on aina 24.10. Nämä päivät sattuvat useimmiten arkipäiville. Kahden poisjätetyn rukouspäivän aiheita käsiteltäisiin perheen sunnuntaina ja luomakunnan sunnuntaina.